در دوره امامت امام محمد باقر (ع) و فرزندش امام جعفر صادق (ع) مسائلی مانند انقراض امويان و بر سر کار آمدن عباسيان و پيدا شدن مشاجرات سياسی و ظهور سرداران و مدعيانی مانند ابوسلمه خلال و ابومسلم خراسانی و ديگران مطرح شد.

امام محمد باقر (ع) و پس از وی امام جعفر صادق (ع) از موقعيت مساعد روزگار سياسی، برای نشر تعليمات اصيل اسلامی و معارف حق بهره جستند و دانشگاه تشيع و علوم اسلامی را پايه ريزی نمودند.

اين امامان بزرگوار و بعد شاگردانشان وارثان و نگهبانان حقيقی تعليمات پيامبر (ص) و ناموس و قانون عدالت بودند. می بايست به تربيت شاگردانی عالم و عامل و يارانی شايسته و فداکار دست می‌زدند و فقه آل محمد (ص) را جمع و تدوين و تدريس می‌کردند. به همين جهت محضر امام باقر (ع) مرکز علما و دانشمندان و راويان حديث و خطيبان و شاعران بنام بود.

امام باقر (ع) دارای خصال ستوده و مؤدب به آداب اسلامی بود. سيرت و صورتش ستوده بود. پيوسته لباس تميز و نو می پوشيد و در کمال وقار و شکوه حرکت می نمود.  

از آن حضرت می پرسيدند: جدت لباس کهنه و کم ارزش می پوشيد، تو چرا لباس فاخر بر تن می‌کنی؟ پاسخ می داد: مقتضای تقوای جدم و فرمانداری آن روز  که محرومان و فقرا و تهيدستان زياد بودند، چنان بود. من اگر آن لباس بپوشم در اين انقلاب افکار، نمی توانم تعظيم شعائر دين کنم.

امام پنجم می‌خواست سنت‌های جدش رسول الله (ص) را عملا در بين مردم زنده کند و مکارم اخلاقی را به مردم تعليم دهد. در روزهای گرم برای رسيدگی به مزارع و نخلستان‌ها بيرون می رفت و با کارگران و کشاورزان بيل می زد. ْنچه از محصول کشاورزی که با عرق جبين و کد يمين  به دست می آورد، در راه خدا انفاق می‌کرد. 

حضرت امام محمد باقر ( ع ) 19 سال و 10 ماه پس از شهادت پدر بزرگوارش حضرت امام زين العابدين (ع) زندگی کرد و در تمام اين مدت به انجام دادن وظايف خطير امامت، نشر و تبليغ فرهنگ اسلامی، تعليم شاگردان، رهبری اصحاب و مردم، اجرا کردن سنت‌های جد بزرگوارش در ميان خلق، متوجه کردن دستگاه غاصب حکومت به خط صحيح رهبری و راه نمودن به مردم در جهت شناخت رهبر واقعی و امام معصوم پرداخت.

سرانجام در هفتم ذی‌الحجه سال 114 هجری قمری در سن 57 سالگی در مدينه با توطئه هشام مسموم شد و چشم از جهان فروبست . پيکر مقدسشان را در قبرستان بقيع کنار پدر بزرگوارش  به خاک سپردند.